Njurarna är belägna högt uppe i bukhålan mot ryggen. Via urinledarna förs urinen till urinblåsan. Urinblåsan övergår i urinröret som hos stoet är kort och har en vid diameter. Urinblåsans hals tömmer sig därför nästan direkt i slidans botten.
Stoets äggstockar är belägna i bukhålans bakre del. Äggstockarnas storlek varierar mellan olika brunst- och dräktighetsstadier. En inaktiv äggstock är tre till fem centimeter lång medan en aktiv kan nå en längd av cirka 10 centimeter. Från vardera äggstocken går en äggledare som efter ägglossningen transporterar ägget till livmodern. Äggledaren är trattformad närmast äggstocken för att sedan bli smal och vindlande och mynna längst ute i spetsen på respektive livmoderhorn. De två livmoderhornen går samman i en bakre gemensam del, livmoderkroppen.
Stoets könsorgan kontrolleras ofta genom s k rektalisering. Vid denna undersökning förs handen in i ändtarmen och könsorganens olika delar kan kännas igenom eller undersökas med t ex ultraljud genom tarmväggen.
